《全国中小企业股份转让系统有限责任公司管理暂行办法》出台，结合2012年12月31日在上海证监局中国证券会《5点答复》的意见.看出其内在的关联性和不同点。
关联性;
1. 统一的交易场所：该所是国务院批准设立的全国性证券交易场所。无论新三板和老三板都在全国中小企业股份转让系统内运行，
2. 公司股东人数的突破： 第三条股票在全国股份转让系统挂牌的公司（以下简称挂牌公司）为非上市公众公司，股东人数可以超过200人.
3. 接受中国证券监督管理委员会统一监督管理： 全国股份转让系统的股票挂牌转让及相关活动，必须遵守法律、行政法规和各项规章规定，禁止欺诈、内幕交易、操纵市场等违法违规行为。中国证监会依法对全国股份转让系统公司、全国股份转让系统的各项业务活动及各参与人实行统一监督管理，维护全国股份转让系统运行秩序，依法查处违法违规行为。
4. 在统一系统内交易运行： 全国股份转让系统的登记结算业务由中国证券登记结算有限责任公司负责。全国股份转让系统公司应当与其签订业务协议，并报中国证监会备案。
5. 再融资问题： 非上市公众公司监督管理办法于2012年10月正式发布，监管办法规定符合条件的非上市公众公司可以通过向特别对象发行股票的方式融资，同时也可以依据法律行政法规，中国证监会规定或公司章程的有关要求，实施并购重组。
区别性：
1. 全国中小企业股份转让系统是由两个部门组成，1.代办股份转让（
http://www.gfzr.com.cn/gsgk.jsp） ；2.股份报价转让，(
http://bjzr.gfzr.com.cn/bjzr/gpgs.html ），代办股份转让即俗称：老三板，股份报价转让俗称;新三板。
2. 清欠和股改问题，“老三板公司退市后，我会负责对其相关信息披露进行监管，公司清欠按照有关规定应由地方政府负责，我会欢迎并鼓励老三板股东及董事、监事、高管等从公司长期利益维护中小投资者权益出发进行清欠和股改”。
3. 交易问题：“全国股份转让系统正式运营后，代办股份转让系统交易的公司将整体转移到全国股份转让系统，相关交易规则暂时维持现有制度安排不变，同时全国股份转让系统也将根据老三板公司的不同情况，分类研究历史问题和市场制度调整方案”，
4. 挂牌股票转让可以采取做市方式、协议方式、竞价方式或证监会批准的其他转让方式。目前，新三板采取做市商交易制度，老三板采用集合竞价交易方式。
按照“相关交易规则暂时维持现有制度安排不变”的意见，管理层会考虑到意见出台后规定的连续性，市场的稳定，投资者情绪的稳定，老三板市场（两网、退市公司）会维持现有的交易制度不变。
什么是 做市方式、协议方式、竞价方式？
做市方式
做市商(market maker) 是指在证券市场上，由具备一定实力和信誉的证券经营法人作为特许交易商，不断地向公众投资者报出某些特定证券的买卖价格（即双向报价），并在该价位上接受公众投资者的买卖要求，以其自有资金和证券与投资者进行证券交易。做市商通过这种不断买卖来维持市场的流动性，满足公众投资者的投资需求。
协议方式
合同形式，是指当事人合意的外在表现形式，是合同内容的载体。我国《合同法》第10条：当事人订立合同，有书面形式，口头形式和其他形式。法律，行政法规规定采用书面形式的，应该采用书面形式。当事人约定采用书面形式的，应当采用书面形式。
竞价方式
集中竞价交易是证券交易所内进行证券买卖的一种交易方式,目前我国上交所、深交所均采用这一交易方式。一般来讲,是指二个以上的买方和二个以上的卖方通过公开竞价形式来确定证券买卖价格的情形。在这种形式下,既有买者之间的竞争,也有卖者之间的竞争,买卖各方都有比较多的人员。集中竞价时,当买者一方中的人员提出的最高价和卖者一方的人员提出的最低价相一致时,证券的交易价格就已确定,其买卖就可成交。 集中竞价交易可分为口头唱报竞价交易、书面申报竞价交易、电脑申报竞价交易。
