而估值水平方面，新三板明显低于中小板和创业板。以2013年9月16日收盘价计算，新三板平均市盈率为11.87倍，而中小板平均市盈率为32.90倍，创业板平均市盈率为50.97倍。即使深市中小板和创业板过于“疯狂”，但是其主板平均市盈率为20.04倍，沪深平均市盈率为11.51倍。无论怎么比较，新三板企业估值过低是不容争辩的事实。估值过低对于企业吸引力非常有限，而相关费用却成为企业的一大负担。
企业在新三板挂牌每年需要缴纳管理费，而且审计费用也非常可观，还有信息披露要求及各种限制。目前，在新三板挂牌企业以年营业收入1亿元以下的占大多数，2012年，挂牌的新三板企业平均营业收入仅为9476.35万元，平均净利润仅为830.05万元，相对企业经营情况，新三板挂牌的成本非常高，而相比较，债务融资和PE/VC融资的成本优势非常明显，尤其是PE/VC融资能够获得的帮助更大。所以，总体而言，新三板对于很多企业来说，并不具有太大的吸引力。
4、骨感的现实之三：新三板业务贡献不足，证券公司兴趣不大从业务资源的角度来看，新三板扩容对于证券公司来说应当是一个很好的业务机会，尤其是从2012年10月到2013年8月，A股市场
IPO已经暂停了10个月之久，而证券市场IPO重启在2013年12月之前很难有实质性的进展，证券公司投行业务面临着严重的发展困境。按照常理，国内证券公司应当积极踊跃开展新三板业务，但是，事实却并非如此，证券公司并没有对新三板业务表现出足够的兴趣。
按照目前的行情，证券公司开展新三板业务的报价普遍在100万-120万之间(其中附带审计和律师费用)，低的可以到80万元。而从2012年A股IPO情况看，创业板IPO的平均承销业务收入在4000万元-5000万元之间，中小板IPO的平均承销业务收入在5000万元-6000万元之间，差别可谓“天上与地下”。
根据前瞻产业研究院的测算：对新三板业务来说，按照每家110万元计算，2012年新三板挂牌公司105家，能为券商带来1.16亿元左右的承销业务收入，相比于2012年证券行业177.44亿元的承销与保荐业务收入，新三板业务收入对于券商来说只能用微不足道来形容。新三板业务实际上没有利润可图，这是很多券商对新三板业务“不感冒”的主要原因，目前，很多证券公司开展新三板业务实际上是在“赔本赚吆喝”。
