三板市场设立的直接原因是NET和STAQ系统的遗留问题,NET和STAQ系统是分别于1992年7月和1993年4月开始运作的法人股交易系统,在运作过程中由于存在一些不尽人意的地方,从保护投资者利益出发,管理层于1999年9月作出两系统停止交易的决定。
为了解决两系统历史遗留的数家公司法人股流通问题,并为退市后的上市公司股份提供继续流通的场所,管理层于2001年7月16日正式开办代办股份转让业务。
2006年中国证监会出台了《证券公司代办股份转让系统中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让试点办法》,至此中关村科技园区非上市股份有限公司也可以进行代办股份转让。