一、沪深交易所定位是会员制证券交易所，然而作为最高权力机构的会员大会并不举行，交易所领导也并非由会员大会选举，而是由证监会任命。但它又不是证监会的派出机构，而且在实际活动中盈利能力极强，因此并不属于事业单位。名不正则言不顺，这种定位上的不明确对证券投资者的利益、会员的利益和自身的利益都会造成一定的损害。
二、会员权益难以体现，投资者权益缺乏有效保护。据悉，沪深证券交易所长期不召开会员大会，无法反映会员的呼声。由于电子技术的发展，会员在场内席位形同虚设，而席位费却长期收取，其使用情况也不透明。另外，以目前会员制交易所的定位，只能将交易资格分配给固定的会员或席位而不是所有的投资者，因此对会员以外的投资者利益也缺乏合法的保护。
三、交易所自身缺乏市场意识和竞争意识，发展动力不足。由于会员制交易所不以盈利为目的，缺乏公司制经营的激励机制，因此效率不高、活力不足，没有提高服务质量和实现股东利益最大化的动力，机关、事业单位色彩浓厚。
四、难以实现国际合作和提高竞争力。随着全球化的发展，各国交易所之间加强国际合作是必然趋势。参股其他交易所可以实现全天候交易，大大扩展收入来源，同时还可以更好地为在多个交易所上市的国企服务。但是我国的交易所囿于会员制的现状，难以实现国际合作。另外，在当前上市资源不分国界的形势下，国内不少大型公司已在世界多个证券交易所上市，而海外公司至今没有一家来中国上市。从长远看，如果我国的证券交易所不采取应对措施，将日益萎缩甚至被边缘化。
